DArT: Różnice pomiędzy wersjami

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przeglądaj historię interaktywnie
[wersja nieprzejrzana][wersja nieprzejrzana]
← poprzednia edycjanastępna edycja →
Usunięta treść Dodana treść
WizualnieWikikod
linki, drobne techniczne
m wstępne propozycje wikizacji – zostawiam nieprzejrzane
Linia 1: Linia 1:
{{dopracować|styl||źródła=2019-05}}
{{dopracować|styl||źródła=2019-05}}
'''DArT''' (od ang. ''Diversity arrays technology'') metoda używaną w biologii [[Biologia molekularna|molekularnej]], [[Genetyka|genetyce]] oraz [[Biotechnologia|biotechnologii]], która wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji. Metoda tam daje możliwość [[Genotypowanie|genotypowania]] określonych polimorficznych locus. Dzięki temu możemy scharakteryzować cały [[genom]], kawałek po kawałku.
'''DArT''' (od ang. ''Diversity Arrays Technology'') – metoda używana w biologii [[Biologia molekularna|molekularnej]], [[Genetyka|genetyce]] oraz [[Biotechnologia|biotechnologii]], która wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji. Metoda ta daje możliwość [[Genotypowanie|genotypowania]] pojedynczych [[Polimorfizm (genetyka)|polimorficznych]] [[locus]]. Dzięki temu możliwe jest charakteryzowanie [[genom|genomu]] kawałek po kawałku.


W technice tej wykorzystujemy enzymy restrykcyjne, które dzielą małe, powielone kopie sekwencji w genomie. Detekcję prowadzimy na macierzach <ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/technology-and-resources/dartseq/ | tytuł=DArTseq/LD/Met - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>. W wyniku badań otrzymujemy dwa typy danych: markery informujące o obecności lub o absencji tzw. SilcoDArTs oraz tzw. SNPy czyli single nucleotide polimorphisms, czyli [[Polimorfizm pojedynczego nukleotydu]]<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/technology-and-resources/dartseq/dartseq-data-types/ | tytuł=DArTseq Data Types - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>.
Technika wykorzystuje enzymy restrykcyjne, które dzielą małe, powielone kopie sekwencji w genomie. Detekcja prowadzona jest na [[Mikromacierz DNA|macierzach]]<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/technology-and-resources/dartseq/ | tytuł=DArTseq/LD/Met - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>. Rezultatem techniki są dwa typy danych: markery SilcoDArTs, informujące o obecności lub o absencji, oraz [[Polimorfizm pojedynczego nukleotydu|SNP]] (polimorfizmy pojedynczego nukleotydu)<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/technology-and-resources/dartseq/dartseq-data-types/ | tytuł=DArTseq Data Types - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>.


== Historia ==
== Historia ==
W 1996 opracowano koncepcję technologii DArT P / L kiedy to Andrzej Kilian, ówczesny dyrektor Genomics na CAMBIA, uznał, że technologie genotypowania opracowane w celu zbadania ludzkiego genomu nie były uniwersalne ani nie miały zastosowania w rolnictwie.
W 1996 zespół Andrzeja Kiliana, ówczesnego dyrektora programu [[Genomika|genomiki]] w instytucji badawczej Cambia, opracował koncepcję technologii DArT P/L, kierując się poczuciem, że dostępne wtedy technologie genotypowania, przeznaczone głównie do badania ludzkiego genomu, nie są uniwersalne. W szczególności, wcześniejsze technologie nie sprawdzały się w rolnictwie, pomimo znacznego popytu na badania chorób i rozwój upraw.
Od roku 1998 stały się dostępne nowe wysokowydajne platformy technologiczne, takie jak system mikromacierzy Genetic Microsystems.


W roku 2001 po sprawdzeniu koncepcji na podstawie „Diversity Arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping„<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/about-us/timeline/ | tytuł=DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref> firma DArT P / L została założona w 2001 r. Przez Andrzeja Kiliana i Erica Huttnera. Następnie firma otrzymała początkową pomoc od CAMBIA , Biotechnology Innovation Fund australijskiego rządu federalnego i rządu ACT.
Od roku 1998 stały się dostępne nowe, wysokowydajne platformy technologiczne, takie jak system mikromacierzy Genetic Microsystems. W roku 2001 po sprawdzeniu koncepcji na podstawie „Diversity Arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping”<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/about-us/timeline/ | tytuł=DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>, Andrzej Kilian i Eric Huttner założyli firmę firma DArT P/L, która otrzymała początkową pomoc od Cambii, funduszu Biotechnology Innovation Fund australijskiego rządu federalnego, i lokalnego rządu [[Australijskie Terytorium Stołeczne|Australijskiego Terytorium Stołecznego]].


W roku 2002 opracowano jedno z pierwszych zautomatyzowanych narzędzi do ekstrakcji danych z mikromacierzy, DArTSOFT (Cyril Cayla). Wyodrębnione dane zostały powiązane z bazą danych DArTdb i Systemem Informacji Laboratoryjnej (LIMS) (Grzegorz Uszynski). Następnie rozpoczęły się badania nad analizą [[Pszenica|pszenicy]], [[Jęczmień|jęczmienia]], [[Trzcina cukrowa|trzciny cukrowej]], [[Owies|owsa]], [[Chmiel|chmielu]], [[Pszenżyto|pszenżyta]], [[Eukaliptus|eukaliptusa]] i wielu innych gatunków przez lata. Następnie trwały prace nad tworzeniem coraz to nowszego i efektywniejszego oprogramowania w celu odczytywania danych.
W roku 2002 Cyril Cayla opracował jedno z pierwszych zautomatyzowanych narzędzi do przetwarzania danych z mikromacierzy, DArTsoft. Uzyskane dane zostały dzięki pracy Grzegorza Uszynskiego powiązane z bazą danych DArTdb i Systemem Informacji Laboratoryjnej (LIMS). Następnie zespół rozpoczął wieloletnie analizy [[Pszenica|pszenicy]], [[Jęczmień|jęczmienia]], [[Trzcina cukrowa|trzciny cukrowej]], [[Owies|owsa]], [[Chmiel|chmielu]], [[Pszenżyto|pszenżyta]], [[Eukaliptus|eukaliptusa]] i wielu innych gatunków. W tym czasie rozwijano także nowsze i efektywniejsze oprogramowanie do odczytywania danych.


W 2008 roku kilkuletnia współpraca z NICTA (National ICT Australia) zaowocowała opracowaniem oprogramowania do analizy genetycznej opartego na Statystycznym Uczeniu Maszynowym (SML). Artykuł opisujący tę technologię ( Bedo i in. , 2008 ) został opublikowany w BMC Genetics.
W 2008 roku kilkuletnia współpraca z NICTA (National ICT Australia) zaowocowała opracowaniem oprogramowania do analizy genetycznej opartego na [[Uczenie maszynowe|uczeniu maszynowym]]. Artykuł opisujący tę technologię został opublikowany w BMC Genetics<ref>{{Cytuj |autor = Justin Bedo, Peter Wenzl, Adam Kowalczyk, Andrzej Kilian |tytuł = Precision-mapping and statistical validation of quantitative trait loci by machine learning |czasopismo = BMC Genetics |data = 2008-05-02 |data dostępu = 2019-06-07 |issn = 1471-2156 |wolumin = 9 |numer = 1 |s = 35 |doi = 10.1186/1471-2156-9-35 |pmid = 18452626 |pmc = PMC2409372 |url = https://doi.org/10.1186/1471-2156-9-35}}</ref>.


W 2009 roku DArT P / L zainicjował prace nad nową platformą integracji danych, później nazwaną KDDart, we współpracy z departamentami przemysłu podstawowego NSW i Queensland. Wstępne wsparcie uzyskano za tę pracę dzięki dotacji Horticulture Australia.
W 2009 roku DArT P/L zainicjował prace nad nową platformą integracji danych, później nazwaną KDDart, we współpracy z departamentami przemysłu podstawowego NSW i Queensland. Wstępne wsparcie uzyskano za tę pracę dzięki dotacji Horticulture Australia.


W 2010 DArTP / L otrzymał jedną z pierwszych jednostek Polonator G007, sekwencera następnej generacji, opracowanego wspólnie przez Harvard Medical School i Danaher Motion, i zainicjował prace nad DArTseq ™, jego genotypowaniem przez platformę sekwencjonowania.
W 2010 DArT P/L otrzymał jedną z pierwszych jednostek sekwencera nowej generacji, Polonator G007, opracowanego wspólnie przez [[Harvard Medical School]] i Danaher Motion, i zainicjował prace nad DArTseq, jego genotypowaniem przez platformę sekwencjonowania.


W 2011 DArT P / L uruchamia platformę DArTseq jako regularną usługę dla coraz większej liczby organizmów na sekwencerach Illumina. Nowa wersja DArTdb i potoki analityczne są udostępniane na potrzeby tej platformy.
W 2011 DArT P/L uruchomił platformę DArTseq jako regularną usługę dla coraz większej liczby organizmów na sekwencerach [[Illumina]]. Na potrzeby tej platformy rozwinięto nowe wersje DArTdb i potoków analitycznych.


W 2015 nowe oprogramowanie do przechwytywania danych w terenie, KDSmart, zostało opracowane i udostępnione bezpłatnie w Google PlayStore.
W 2015 opracowano i udostępniono bezpłatnie w [[Google Play]] oprogramowanie do przechwytywania danych w terenie, KDSmart.


W 2017 DArT P / L ukończył pierwszy milion testów na naszych platformach i ponownie zdołał prawie podwoić objętość testów w porównaniu z poprzednim rokiem. Nowe wersje wszystkich aplikacji KDDart zostały wydane w ciągu roku z nowymi funkcjami. DArT P / L zainicjował współpracę z programem IAA na University of Minnesota, koncentrując się na rozszerzeniu analizy Genotype x Environment x Management o dodanie wymiaru Socioekonomics <ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/about-us/timeline/ | tytuł=DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>.
W 2017 DArT P/L ukończył pierwszy milion testów na naszych{{Kto}} platformach i ponownie zdołał prawie podwoić objętość testów w porównaniu z poprzednim rokiem. Nowe wersje wszystkich aplikacji KDDart zostały wydane w ciągu roku z nowymi funkcjami. DArT P/L zainicjował współpracę z programem International Agroinformatics Alliance na [[Uniwersytet Minnesoty|Uniwersytecie Minnesoty]], koncentrując się na rozszerzeniu analizy genotyp × środowisko × uprawa o dodanie wymiaru socjoekonomicznego<ref>{{Cytuj | url=https://www.diversityarrays.com/about-us/timeline/ | tytuł=DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology<!-- Tytuł wygenerowany przez bota --> | opublikowany=www.diversityarrays.com | język=en | data dostępu=2019-05-25}}</ref>.


== Metodyka ==
== Procedura ==
Przed rozpoczęciem badań należy przygotować genomowe DNA, które będzie tzw. reprezentacyjnym DNA. Następnie genom należy zredukować w celu ograniczenia jego złożoności oraz sporządzić biblioteki genomowe. Kolejnym etapem jest przygotowanie sond i ich [[Hybrydyzacja (chemia)]]. Sondy umieszczone na macierzach są znakowane fluorescencyjnie. Ostatnim etapem jest odczyt wyników. „Etap przygotowania reprezentacji genomowej polega na izolacji genomowego DNA <ref>Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279</ref>. Powielone fragmenty o znanej masie cząsteczkowej są klonowane i powielają sondy na szklanych m[[Mikromacierz DNA|ikromacierzach DNA]]. W wyniku reakcji [[PCR]] produkty są zatężane i oczyszczane przed etapem znakowa barwnikami. „Tak przygotowane próbki są hybrydyzowane na macierzy z sondami. Płytki po hybrydyzacji są skanowane za pomocą konfokalnego skanera laserowego ” <ref>Jaccoud D., Peng K., Feinstein D., Diversity arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping, Nucleic Acids Res., 2001, 29, E25</ref>. Następnie analiza danych jest prowadzona z użyciem specjalnego oprogramowania.
Przed rozpoczęciem badań przygotowywane jest genomowe DNA, które będzie tzw. reprezentacyjnym DNA. Następnie genom jest redukowany, w celu ograniczenia jego złożoności; sporządzane są biblioteki genomowe. Kolejnym etapem jest przygotowanie sond i ich [[Hybrydyzacja (chemia)|hybrydyzacja]]. Sondy umieszczone na macierzach są [[Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ|znakowane fluorescencyjnie]]. Ostatnim etapem jest odczyt wyników. „Etap przygotowania reprezentacji genomowej polega na izolacji genomowego DNA<ref>Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279</ref>. Powielone fragmenty o znanej masie cząsteczkowej są klonowane i powielają sondy na szklanych [[Mikromacierz DNA|mikromacierzach DNA]]. W wyniku reakcji [[PCR]] produkty są zatężane i oczyszczane przed etapem znakowania barwnikami. „Tak przygotowane próbki są hybrydyzowane na macierzy z sondami. Płytki po hybrydyzacji są skanowane za pomocą [[Skanujący laserowy mikroskop konfokalny|konfokalnego skanera laserowego]]”<ref>Jaccoud D., Peng K., Feinstein D., Diversity arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping, Nucleic Acids Res., 2001, 29, E25</ref>. Dalsza analiza danych jest prowadzona z użyciem specjalnego oprogramowania.


== Wady i zalety metody ==
== Wady i zalety metody ==
Niestety najbardziej pracochłonną i czasochłonną częścią tej technologii jest opracowanie bibliotek [[Biblioteka genomowa|genomowych]] co jest warunkiem koniecznym w celu uzyskania sond <ref>Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279</ref>.
Najbardziej pracochłonną i czasochłonną częścią tej technologii jest opracowanie bibliotek [[Biblioteka genomowa|genomowych]] co jest warunkiem koniecznym w celu uzyskania sond<ref>Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279</ref>. Najważniejszą zaletą tej techniki jest jej wydajność i ekonomiczność. Dodatkowo nie wymaga informacji o sekwencji do wykrywania miejsc występowania danej cechy. „Pojedyncza reakcja, gdzie wystarczy jedynie od 50 do 100 ng genomowego DNA, może wykryć polimorfizm tysięcy loci w różnorodnych genomach<ref>Raman H., Raman R., Nelson M. N., Aslam M. N., Rajasekaran R., Wratten N., Cowling W. A., Kilian A., Sharpe A. G., Shondelmaier J., Diversity array technology markers: genetic diversity analyses and linkage map construction in rapeseed (Brassica napus L.), DNA Res., 2012, 19, 51—65</ref>. „Metoda ta daje nam możliwość analizy dużej liczby prób. Metoda ta ma także wysoką powtarzalność i minimalizuje występowanie brakujących danych”<ref>Huttner E., Wenzl P., Akbari M., Caig V., Carling J., Cayla C., Evers M., Jaccound D., Peng K., Patarapuwadol S., Diversity Arrays Technology: A novel tool for harnessing the genetic potential of orphan crops, Conference of the World Biological Forum, Wielka Brytania, 2005, 145—155</ref>.
Najważniejszą zaletą tej techniki jest jej wydajność i ekonomiczność. Dodatkowo nie wymaga informacji o sekwencji do wykrywania miejsc występowania danej cechy. „Pojedyncza reakcja, gdzie wystarczy jedynie od 50 do 100 ng genomowego DNA, może wykryć polimorfizm tysięcy loci w różnorodnych genomach <ref>Raman H., Raman R., Nelson M. N., Aslam M. N., Rajasekaran R., Wratten N., Cowling W. A., Kilian A., Sharpe A. G., Shondelmaier J., Diversity array technology markers: genetic diversity analyses and linkage map construction in rapeseed (Brassica napus L.), DNA Res., 2012, 19, 51—65</ref>. „Metoda ta daje nam możliwość analizy dużej liczby prób. Metoda ta ma także wysoką powtarzalność i minimalizuje występowanie brakujących danych<ref>Huttner E., Wenzl P., Akbari M., Caig V., Carling J., Cayla C., Evers M., Jaccound D., Peng K., Patarapuwadol S., Diversity Arrays Technology: A novel tool for harnessing the genetic potential of orphan crops, Conference of the World Biological Forum, Wielka Brytania, 2005, 145—155</ref>.



== Przypisy ==
{{Przypisy
{{Przypisy
}}
}}<references />

[[Kategoria:Genetyka]]
[[Kategoria:Genetyka]]
[[Kategoria:Biotechnologia]]
[[Kategoria:Biotechnologia]]

Wersja z 22:46, 7 cze 2019

DArT (od ang. Diversity Arrays Technology) – metoda używana w biologii molekularnej, genetyce oraz biotechnologii, która wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji. Metoda ta daje możliwość genotypowania pojedynczych polimorficznych locus. Dzięki temu możliwe jest charakteryzowanie genomu kawałek po kawałku.

Technika wykorzystuje enzymy restrykcyjne, które dzielą małe, powielone kopie sekwencji w genomie. Detekcja prowadzona jest na macierzach[1]. Rezultatem techniki są dwa typy danych: markery SilcoDArTs, informujące o obecności lub o absencji, oraz SNP (polimorfizmy pojedynczego nukleotydu)[2].

Historia

W 1996 zespół Andrzeja Kiliana, ówczesnego dyrektora programu genomiki w instytucji badawczej Cambia, opracował koncepcję technologii DArT P/L, kierując się poczuciem, że dostępne wtedy technologie genotypowania, przeznaczone głównie do badania ludzkiego genomu, nie są uniwersalne. W szczególności, wcześniejsze technologie nie sprawdzały się w rolnictwie, pomimo znacznego popytu na badania chorób i rozwój upraw.

Od roku 1998 stały się dostępne nowe, wysokowydajne platformy technologiczne, takie jak system mikromacierzy Genetic Microsystems. W roku 2001 po sprawdzeniu koncepcji na podstawie „Diversity Arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping”[3], Andrzej Kilian i Eric Huttner założyli firmę firma DArT P/L, która otrzymała początkową pomoc od Cambii, funduszu Biotechnology Innovation Fund australijskiego rządu federalnego, i lokalnego rządu Australijskiego Terytorium Stołecznego.

W roku 2002 Cyril Cayla opracował jedno z pierwszych zautomatyzowanych narzędzi do przetwarzania danych z mikromacierzy, DArTsoft. Uzyskane dane zostały dzięki pracy Grzegorza Uszynskiego powiązane z bazą danych DArTdb i Systemem Informacji Laboratoryjnej (LIMS). Następnie zespół rozpoczął wieloletnie analizy pszenicy, jęczmienia, trzciny cukrowej, owsa, chmielu, pszenżyta, eukaliptusa i wielu innych gatunków. W tym czasie rozwijano także nowsze i efektywniejsze oprogramowanie do odczytywania danych.

W 2008 roku kilkuletnia współpraca z NICTA (National ICT Australia) zaowocowała opracowaniem oprogramowania do analizy genetycznej opartego na uczeniu maszynowym. Artykuł opisujący tę technologię został opublikowany w BMC Genetics[4].

W 2009 roku DArT P/L zainicjował prace nad nową platformą integracji danych, później nazwaną KDDart, we współpracy z departamentami przemysłu podstawowego NSW i Queensland. Wstępne wsparcie uzyskano za tę pracę dzięki dotacji Horticulture Australia.

W 2010 DArT P/L otrzymał jedną z pierwszych jednostek sekwencera nowej generacji, Polonator G007, opracowanego wspólnie przez Harvard Medical School i Danaher Motion, i zainicjował prace nad DArTseq, jego genotypowaniem przez platformę sekwencjonowania.

W 2011 DArT P/L uruchomił platformę DArTseq jako regularną usługę dla coraz większej liczby organizmów na sekwencerach Illumina. Na potrzeby tej platformy rozwinięto nowe wersje DArTdb i potoków analitycznych.

W 2015 opracowano i udostępniono bezpłatnie w Google Play oprogramowanie do przechwytywania danych w terenie, KDSmart.

W 2017 DArT P/L ukończył pierwszy milion testów na naszych[kto?] platformach i ponownie zdołał prawie podwoić objętość testów w porównaniu z poprzednim rokiem. Nowe wersje wszystkich aplikacji KDDart zostały wydane w ciągu roku z nowymi funkcjami. DArT P/L zainicjował współpracę z programem International Agroinformatics Alliance na Uniwersytecie Minnesoty, koncentrując się na rozszerzeniu analizy genotyp × środowisko × uprawa o dodanie wymiaru socjoekonomicznego[5].

Procedura

Przed rozpoczęciem badań przygotowywane jest genomowe DNA, które będzie tzw. reprezentacyjnym DNA. Następnie genom jest redukowany, w celu ograniczenia jego złożoności; sporządzane są biblioteki genomowe. Kolejnym etapem jest przygotowanie sond i ich hybrydyzacja. Sondy umieszczone na macierzach są znakowane fluorescencyjnie. Ostatnim etapem jest odczyt wyników. „Etap przygotowania reprezentacji genomowej polega na izolacji genomowego DNA[6]. Powielone fragmenty o znanej masie cząsteczkowej są klonowane i powielają sondy na szklanych mikromacierzach DNA. W wyniku reakcji PCR produkty są zatężane i oczyszczane przed etapem znakowania barwnikami. „Tak przygotowane próbki są hybrydyzowane na macierzy z sondami. Płytki po hybrydyzacji są skanowane za pomocą konfokalnego skanera laserowego”[7]. Dalsza analiza danych jest prowadzona z użyciem specjalnego oprogramowania.

Wady i zalety metody

Najbardziej pracochłonną i czasochłonną częścią tej technologii jest opracowanie bibliotek genomowych co jest warunkiem koniecznym w celu uzyskania sond[8]. Najważniejszą zaletą tej techniki jest jej wydajność i ekonomiczność. Dodatkowo nie wymaga informacji o sekwencji do wykrywania miejsc występowania danej cechy. „Pojedyncza reakcja, gdzie wystarczy jedynie od 50 do 100 ng genomowego DNA, może wykryć polimorfizm tysięcy loci w różnorodnych genomach[9]. „Metoda ta daje nam możliwość analizy dużej liczby prób. Metoda ta ma także wysoką powtarzalność i minimalizuje występowanie brakujących danych”[10].

Przypisy

  1. ↑ DArTseq/LD/Met - Diversity Arrays Technology [online], www.diversityarrays.com [dostęp 2019-05-25] (ang.).
  2. ↑ DArTseq Data Types - Diversity Arrays Technology [online], www.diversityarrays.com [dostęp 2019-05-25] (ang.).
  3. ↑ DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology [online], www.diversityarrays.com [dostęp 2019-05-25] (ang.).
  4. ↑ Justin Bedo i inni, Precision-mapping and statistical validation of quantitative trait loci by machine learning, „BMC Genetics”, 9 (1), 2008, s. 35, DOI: 10.1186/1471-2156-9-35, ISSN 1471-2156, PMID: 18452626, PMCID: PMC2409372 [dostęp 2019-06-07].
  5. ↑ DArT TimeLine - Diversity Arrays Technology [online], www.diversityarrays.com [dostęp 2019-05-25] (ang.).
  6. ↑ Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279
  7. ↑ Jaccoud D., Peng K., Feinstein D., Diversity arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping, Nucleic Acids Res., 2001, 29, E25
  8. ↑ Pachota K., Niedziela A., Orłowska R., Bednarek P., Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych, Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików, 2016, 279
  9. ↑ Raman H., Raman R., Nelson M. N., Aslam M. N., Rajasekaran R., Wratten N., Cowling W. A., Kilian A., Sharpe A. G., Shondelmaier J., Diversity array technology markers: genetic diversity analyses and linkage map construction in rapeseed (Brassica napus L.), DNA Res., 2012, 19, 51—65
  10. ↑ Huttner E., Wenzl P., Akbari M., Caig V., Carling J., Cayla C., Evers M., Jaccound D., Peng K., Patarapuwadol S., Diversity Arrays Technology: A novel tool for harnessing the genetic potential of orphan crops, Conference of the World Biological Forum, Wielka Brytania, 2005, 145—155
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=DArT&oldid=56836501”