Przed startem wyścigu wszyscy zawodnicy obowiązkowo musieli się poddać badaniom. Badań tych nie przeszli trzej kolarze: Rosjanin Siergiej Iwanow z drużyny Farm Frites, Włoch Rossano Brasi z Team Polti i Słoweniec Andrej Hauptman z Vini Caldirola-Sidermec. We krwi wszystkich trzech wykryto zbyt duży poziom hematokrytu we krwi, co sugerowało stosowanie erytropoetyny (EPO). Cała trójka została wykluczona z rywalizacji[2].
Po zakończeniu 16. etapu testów antydopingowych nie przeszedł francuski kolarz Emmanuel Magnien. W jego krwi wykryto kortykosteroidy[3]. Zwycięzca klasyfikacji punktowej, Erik Zabel, także stosował doping, do czego przyznał się w 2013 roku[4].
W 2012 roku Armstrong został dożywotnio zdyskwalifikowany za stosowanie dopingu przez Amerykańską Agencję Antydopingową. Anulowano także wszystkie jego wyniki począwszy od 1 sierpnia 1998 roku[5]. W 2013 roku Armstrong przyznał się do stosowania między innymi EPO, transfuzji krwi, testosteronu i kortyzonu[6]. Mimo to jeden z najpoważniejszych rywali Amerykanina, Jan Ullrich stwierdził, że Amerykaninowi powinno się przywrócić wszystkie wyniki, z uwagi na powszechność stosowania dopingu wśród kolarzy w tamtych czasach[7].