Sekwencjonowanie DNA: Różnice pomiędzy wersjami
[wersja przejrzana] | [wersja przejrzana] |
Siergiej89 (dyskusja | edycje) m lit., wikizacja |
Luckas-bot (dyskusja | edycje) m r2.7.1) (robot dodaje: is:Raðgreining |
||
Linia 59: | Linia 59: | ||
[[fr:Séquençage de l'ADN]] |
[[fr:Séquençage de l'ADN]] |
||
[[id:Sekuensing asam nukleat]] |
[[id:Sekuensing asam nukleat]] |
||
[[is:Raðgreining]] |
|||
[[it:Sequenziamento del DNA]] |
[[it:Sequenziamento del DNA]] |
||
[[he:ריצוף DNA]] |
[[he:ריצוף DNA]] |
Wersja z 15:14, 11 sty 2011
Sekwencjonowanie DNA – technika odczytywania sekwencji, czyli kolejności par nukleotydowych w cząsteczce DNA.
Sekwencjonowanie dokonuje się przy pomocy zautomatyzowanych sekwencjonatorów. Manualne sekwencjonowanie stosuje się przy opracowywaniu nowatorskich metod, w niektórych laboratoriach dla krótkich fragmentów, lub podczas ćwiczeń[potrzebny przypis].
- Przykład sekwencji DNA (początek operonu laktozowego E. coli z GenBank):
GACACCATCGAATGGCGCAAAACCTTTCGCGGTATGGCATGATAGCGCCCGGAAGAGAGTCAATTCAGGG
Metody historyczne
Historyczną już i wypieraną metodą jest opracowana w 1981[1]- r metoda Sangera, oparta o syntezę DNA przez polimerazę DNA in vitro. Do reakcji dodaje się niewielką ilość trifosforanów dideoksynukleotydów (ddNTP), które są wbudowywane w DNA, ale ich dołączenie uniemożliwia dalsze wydłużanie nici. W ten sposób otrzymuje się fragmenty DNA o różnej długości zakończone specyficznym nukleotydem. Produkty reakcji rozdziela się elektroforetycznie, co powoduję ich segregację pod względem wielkości.
Metody współczesne
Obecnie metoda odczytu została zautomatyzowana dzięki wykorzystaniu znakowanych fluorescencyjnie trifosforanów dideoksynukleotydów i pozwala na odczyt 300-1000 par zasad z jednej kapilary lub linii na żelu[potrzebny przypis].
Autorem alternatywnej metody sekwencjonowania DNA, z wykorzystaniem specyficznej, chemicznej degradacji DNA, byli Walter Gilbert i Allan Maxam (metoda Maxama-Gilberta)[2]. Gilbert wraz z Frederickiem Sangerem otrzymali za to osiągnięcie nagrodę Nobla w dziedzinie chemii. Metoda Maxama-Gilberta obecnie jest rzadko stosowana.
Nowoczesne masowo równoległe aparaty do sekwencjonowania DNA są w stanie pracować z szybkością rzędu milionów par zasad na godzinę[potrzebny przypis]. Tranzystory polowe DNA umożliwiają użycie natywnego DNA w hybrydyzacji do mikromacierzy i odczyt w czasie rzeczywistym.
Nagroda Archon Genomics X PRIZE w wysokości 10 mln dolarów czeka na ośrodek, który będzie w stanie zsekwencjonować 100 genomów ludzkich w ciągu 10 dni[3]. Pierwsze sekwencjonowanie genomu człowieka zajęło wiele lat (zob. Projekt poznania ludzkiego genomu).
Nowoczesne metody sekwencjonowania DNA są na tyle tanie, iż setki tysięcy osób zapłaciły za zbadanie swojego DNA i wzięły udział w Projekcie Genograficznym. Ta względna taniość umożliwiła również rozwój m.in. genetyki genealogicznej oraz wielu rodzajów badań testujących obecność mutacji.
Metody rozwojowe
- PCR
- Metodą bąbelkową + pyrosekwencjonowanie
- 454 sequencing pozwala 300 MBp na dzień w jednej maszynie [1]. Metoda ta jest szczególnie przydatna do sekwencjonowania aDNA.
- bezpośredniego odczytu[potrzebny przypis]:
- nanosekwencjonowanie. Przesuwająca się cząsteczka DNA poprzez centrum aktywne modyfikowanych polimeraz jest odczytywana bezpośrednio. Szybkość takiego odczytu może dochodzić od 300 Bp/s dla pojedynczego nanometrowego czujnika[4].
- mikroskopowe
Historia rozwoju metod sekwencjonowania DNA
- 1953 – opracowanie modelu podwójnej helisy DNA przez Jamesa Watsona i Francisa Cricka
- 1972 – opracowanie sposobów izolacji materiału do dalszych badań. Rozwój technologii rekombinacji umożliwiający izolację dowolnych fragmentów DNA i ich replikację.
- 1977 – Allan Maxam i Walter Gilbert ogłaszają publikację pt. Sekwencjonowanie DNA przez chemiczną degradację. W tym samym czasie Sanger opublikował też metodę sekwencjonowania DNA przez syntezę katalizowaną enzymatycznie.
- 1980 – Fred Sanger i Walter Gilbert otrzymali nagrodę Nobla
- 1982 – utworzono Genbank – publicznie dostępną bazę danych sekwencji DNA
- Andre Marion i Samuel Eletr utworzyli firmę Applied Biosystems, która w tym okresie zdominowała automatyczne sekwencjonowanie DNA
- 1982 – Akiyoshi Wada zbudował roboty sekwencyjne dla firmy Hitachi.
- 1984 – badacze z MRC odczytali kompletną sekwencję wirusa Epstein-Barr, 170 kb.
- 1997 – zsekwencjonowano 5Mb genom bakterii Escherichia coli.
- 2001, 15 lutego – Konsorcjum HUGO opublikowało sekwencję genomu ludzkiego w Nature.
- 2001, 16 lutego – firma Celera Genomics opublikowała sekwencję genomu ludzkiego w Science.
- ↑ Eberhard Passarge: Genetyka – Ilustrowany przewodnik. Warszawa: Wydawnictwa Lekarskie PZWL, 2004, s. 52. ISBN 83-200-2908-2.
- ↑ A M Maxam and W Gilbert, A new method for sequencing DNA, Proc Natl Acad Sci U S A. 1977 February; 74(2): 560–564.
- ↑ ogłoszenie o konkursie X Prize Foundation (ang.)
- ↑ http://visigenbio.com/technology_overview.html