W Pucharze Świata Marko Baacke zadebiutował 3 stycznia 2000 roku w Oberwiesenthal, gdzie zajął 45. miejsce w sprincie. Tym samym już w swoim debiucie wywalczył pierwsze pucharowe punkty (w sezonach 1993/1994-2001/2002 obowiązywała inna punktacja Pucharu Świata). Punktował we wszystkich pozostałych konkursach sezonu 1999/2000, najlepszy wynik osiągając 6 lutego 2000 roku w Hakubie, gdzie był dziesiąty. W klasyfikacji generalnej uplasował się na 31. pozycji. W 2000 roku osiągnął też pierwszy sukces w karierze zdobywając srebrne medale w sprincie i konkursie metodą Gundersena na mistrzostwach świata juniorów w Štrbskim Plesie.
Najlepsze wyniki osiągnął w sezonie 2000/2001. W zawodach pucharowych ośmiokrotnie plasował się w czołowej dziesiątce, w tym trzy razy stawał na podium: 2 grudnia 2000 roku w Kuopio i 27 stycznia 2001 roku w Steamboat Springs był drugi, a 9 marca 2001 roku w Oslo zajął trzecie miejsce. Wyniki te pozwoliły mu zająć siódme miejsce w klasyfikacji generalnej. Na mistrzostwach świata w Lahti w 2001 roku osiągnął największy sukces w swojej karierze, zdobywając złoty medal w sprincie. Po skokach zajmował drugie miejsce za Jaakko Tallusem z Finlandii, lecz na mecie biegu stawił się pierwszy, wyprzedzając Fina Samppę Lajunena i swego rodaka Ronny'ego Ackermanna. W konkursie metodą Gundersena spisał się słabiej, kończąc rywalizację na ósmym miejscu, uzyskując jednocześnie najlepszy wynik spośród reprezentantów Niemiec. W zawodach drużynowych Niemcy z Baacke w składzie zajęli czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal z Finami.
Lahti
Bjarte Engen Vik
Val di Fiemme
Johnny Spillane
Štrbské Pleso
Aleksiej Cwietkow
Felix Gottwald
Sebastian Haseney
