Karierę piłkarską rozpoczął w 1988, w Jantarze Ustka. W Ekstraklasie zadebiutował w 1991, w barwach Olimpii Poznań. Jego pierwszym zagranicznym klubem został w 1994 Roda JC Kerkrade. Rok później wygrał plebiscyt Piłki Nożnej w kategorii Odkrycie roku[1]. Przez prawie 7 kolejnych lat (z krótką przerwą) grał w lidze holenderskiej. Za jego transfer w 1997 PSV Eindhoven zapłacił 3,2 mln USD. Iwan zdobył z tym klubem dwa tytuły mistrza kraju. Od 2001 do 2005 był zawodnikiem klubów austriackich (głównie Admira Wacker Mödling). W sezonie 2005/2006 Tomasz Iwan powrócił do Ekstraklasy, grając w zespole Lecha Poznań. Po tym sezonie, z powodu kontuzji zakończył karierę zawodniczą[2].
Jeden z dwóch piłkarzy, którzy grali w I lidze w barwach trzech poznańskich klubów (Olimpia Poznań, Warta Poznań i Lech Poznań). Drugim z nich jest Dariusz Wojciechowski.
W reprezentacji Polski zadebiutował 16 sierpnia 1995 w meczu Polska-Francja (1-1) w Paryżu. Jego ostatnim występem w kadrze było spotkanie z 17 kwietnia 2002 Polska-Rumunia (1-2) w Bydgoszczy. Nie znalazł się w kadrze na Mundial 2002, co uznano za jedną z zaskakujących decyzji selekcjonera Jerzego Engela. Trener swoją decyzję argumentował rzadkim występowaniem zawodnika w meczach klubowych[3]. W reprezentacji rozegrał 40 spotkań i strzelił 4 bramki.
31 października 2013 został dyrektorem reprezentacji Polski ds. organizacyjnych, zastępując na tej funkcji Konrada Paśniewskiego[4]. Pozostał na stanowisku do Mistrzostwach Świata 2018 organizowanych w Rosji. Po nieudanym turnieju Jerzy Brzęczek zastąpił Adama Nawałkę w roli selekcjonera reprezentacji wybierając własny sztab szkoleniowy. Tomasz Iwan zakończył pracę jako dyrektor reprezentacji 16 lipca 2018[5].
