Klub został założony w 1943 (z połączenia czterech innych klubów) i przez lata występów w ekstraklasie francuskiej ośmiokrotnie świętował mistrzostwo kraju (1965, 1966, 1973, 1977, 1980, 1983, 1995, 2001). W latach 1979, 1999 i 2000 zdobywał Puchar Francji. Wielokrotnie zespół kwalifikował się do europejskich rozgrywek, także do prestiżowej Ligi Mistrzów; w edycji 1995/1996 piłkarze Nantes dotarli do półfinału Ligi Mistrzów (wyeliminowali m.in. Spartaka Moskwa, ulegli Juventusowi), w edycji 2001/2002 – w znacznie rozbudowanych rozgrywkach Ligi Mistrzów – odpadli na etapie drugiej fazy grupowej. Byli także w półfinale Pucharu Zdobywców Pucharów (1979/1980) oraz w ćwierćfinale Pucharu UEFA (1994/1995).
Piłkarze Nantes, ze względu na kolor strojów (zielono-żółte), noszą przydomek kanarków (les canaris).
W maju 1984 otwarto nowy stadion, który służył za jedną z aren Mistrzostw Europy 1984 i Mistrzostw Świata 1998, a także miejsce spotkań eliminacyjnych i towarzyskich reprezentacji Francji oraz spotkań reprezentacji rugbystów. Stadionowi, mogącemu pomieścić 39 tysięcy widzów (po modernizacji – 50 tysięcy), nadano imię wieloletniego prezesa klubu, Louisa Fonteneau (Stade de la Beaujoire – Louis Fonteneau). W sezonie 2006/2007 Nantes po 44 latach nieprzerwanej gry w Ligue 1 spadło do 2 ligi. Po roku przerwy Nantes wróciło do Ligue 1 po zajęciu 2 miejsca w tabeli. W kolejnym sezonie klub zajął przedostatnie miejsce w tabeli Ligue 1 i ponownie zanotował degradację. W 2013 roku piłkarze Nantes wrócili do Ligue 1, w której grają do dziś.
Waldemar Kita
Vahid Halilhodžić
Patrick Collot
Louis Dupal
Miroslav Blažević
Angel Marcos
Japhet N’Doram i 
Michel Der Zakarian
Gernot Rohr
Sérgio Conceição
Claudio Ranieri
Vahid Halilhodžić
