Klub został założony 14 marca 1898 w Bazylei, jako FC Young Boys. Swój pierwszy mecz rozegrała 17 czerwca tego samego roku z Viktorią Pilzno. W 1925 klub przeniósł się do Berna i zmienił człon z FC na BSC z racji tego że oprócz sekcji piłkarskiej, istniała także sekcja piłki ręcznej i hokeja na trawie.
Najlepsze lata dla klubu to lata pięćdziesiąte kiedy klub zdobył dwa puchary Szwajcarii i cztery mistrzowskie tytuły z rzędu. W latach 1984-1991 drużynę piłkarską YB prowadził polski trener z niemieckim paszportem Aleksander Mandziara zdobywając z nią ostatnie w historii klubu tytuł mistrzowski oraz puchar kraju a także jedyny superpuchar. W 2018 roku zdobył pierwszy od 32 lat tytuł mistrza kraju przerywając serię FC Basel, który zdobył 8 tytułów pod rząd.
