Isco karierę rozpoczynał w mało znanym klubie z Andaluzji, Atlético Benamiel. Stąd trafił do zespołu młodzieżowego drużyny Valencii. W 2009 zadebiutował w trzecioligowych rezerwach, a już rok później – 11 listopada 2010 wystąpił w składzie pierwszej drużyny w pojedynku z CD Logroñés w Pucharze Hiszpanii i zdobył dwie bramki w wygranym 4:1 spotkaniu[2]. Trzy dni później, 14 listopada, zaliczył swe pierwsze minuty w Primera División – zastąpił Aritza Aduriza w wygranym 2-0 meczu z Getafe CF[3]. Młody pomocnik do końca sezonu zagrał jeszcze w trzech spotkaniach ligowych Los Ches.
Obiecujący media punta, długoletni gracz hiszpańskich reprezentacji młodzieżowych, przed sezonem 2011/2012 został ściągnięty przez szejkaAbdullaha Al Thaniego do Málagi. Bogaty sponsor zainwestował wielkie pieniądze w rozwój tej drużyny i na Estadio La Rosaleda trafili wówczas m.in. Cazorla, Demichelis, Joaquín, Mathijsen, Monreal, Toulalan oraz van Nistelrooy. Za 19-letniego Isco katarski inwestor zapłacił 6 milionów euro[4]. Manuel Pellegrini, trener Los Boquerones, odważnie postawił na tego gracza – w pierwszym sezonie w Máladze zagrał w lidze 32 razy i zdobył w niej 5 bramek, będąc trzecim strzelcem całej drużyny[5]. Wydatnie przyczynił się do zajęcia przez klub miejsca premiowanego występami w europejskich pucharach. W plebiscycie Liga de Futbol Profesional (LFP) został wybrany odkryciem sezonu ligi hiszpańskiej (ogłoszenie wyników miało miejsce 14 listopada 2012)[6].
27 czerwca 2013 podpisał pięcioletni kontrakt z Realem Madryt[7]. "Królewscy" zapłacili za niego 27 mln euro. 18 sierpnia zadebiutował w meczu ligowym przeciwko Realowi Betis. Spotkanie zakończyło się wynikiem 2:1, a sam Isco zdobył bramkę i zaliczył asystę.
W 2013 wraz z reprezentacją Hiszpanii U-21 wywalczył Mistrzostwo Europy. W meczu finałowym wygranym 4:2 Isco zdobył jedną bramkę. Ogółem w turnieju uzyskał ich trzy. Królem strzelców owej imprezy został jego przyszły kolega z klubu, Álvaro Morata.
15 sierpnia 2013 znalazł się wśród dwudziestu trzech zawodników, którzy zostali powołani na towarzyskie mecze przeciwko reprezentacji Finlandii oraz reprezentacji Chile.
