W sezonie 1991/1992 zdobył pierwsze w karierze punkty Pucharu Świata – 14 grudnia 1991 w Sapporo wygrał konkurs PŚ na skoczni Miyanomori z przewagą 22,8 punktu nad drugim Staffanem Tällbergiem, ustanawiając przy tym nowy rekord obiektu (98 metrów; wynik ten został pobity w 2007 roku przez Adama Małysza). Dzień później odniósł drugie pucharowe zwycięstwo, tym razem na skoczni Ōkurayama, również bijąc rekord skoczni. 29 grudnia 1991 podczas pierwszego konkursu Turnieju Czterech Skoczni w Oberstdorfie zajął drugie miejsce, przegrywając z Toni Nieminenem. 1 stycznia 1992 w Garmisch-Partenkirchen zajął dziewiąte miejsce. Trzy dni później na Bergisel w Innsbrucku zajął czwartą pozycję, za Toni Nieminenem, Andreasem Goldbergerem i Andreasem Felderem. 6 stycznia 1992 podczas ostatniego konkursu Turnieju Czterech Skoczni 1992 w Bischofshofen zajął dziewiątą pozycję. W klasyfikacji łącznej Turnieju uzyskał 832,9 punktu, co dało mu trzecie miejsce (o 0,3 punktu za Martinem Höllwarthem). 17 stycznia 1992 na normalnej skoczni w Sankt Moritz zajął drugie miejsce, tuż za Andreasem Felderem. Dwa dni później zajął trzecie miejsce w Engelbergu, kończąc Turniej Szwajcarski na drugim miejscu za Felderem. 25 i 26 stycznia 1992 na mamuciej skoczni w Oberstdorfie wygrał dwa konkursy Pucharu Świata. Mimo, iż był wówczas liderem klasyfikacji generalnej Pucharu Świata, nie wystąpił podczas Igrzysk Olimpijskich w Albertville. Spadek formy Rathmayra i cztery zwycięstwa Toniego Nieminena w dalszej części sezonu, odebrały mu szansę na zwycięstwo w klasyfikacji generalnej. Trzykrotnie znalazł się poza czołową piętnastką, a jego najlepszym wynikiem było piąte miejsce w kończących sezon zawodach w Planicy. Ukończył Puchar Świata na drugim miejscu z dorobkiem 229 punktów, tracąc do Nieminena 40 punktów.
Sezon 1992/1993 rozpoczął w grudniu 1992, dwoma zwycięstwami na skoczni w Falun. 13 grudnia 1992 w Ruhpolding zajął drugie miejsce, przegrywając z Stefanem Zündem. 19 grudnia 1992 w Sapporo po raz kolejny sklasyfikowany został na drugim miejscu (zawody wygrał wówczas Martin Höllwarth). Dzień później na tej samej skoczni po raz trzeci z rzędu był drugi, przegrywając z Akirą Higashim. Było to jego ostatnie podium w zawodach o Puchar Świata. W trzech pierwszych konkursach Turnieju Czterech Skoczni zajmował miejsca w czołowej dziesiątce. W Bischofshofen upadł w pierwszej serii, przez co stracił znaczącą ilość punktów w klasyfikacji łącznej. Ostatecznie uzyskał 799,8 punktu i ukończył Turniej na dziewiątym miejscu. W trzech kolejnych startach (Val di Fiemme, Bad Mitterndorf) również zajmował czołowe lokaty, jednak nie zdołał wywalczyć podium. Siódme i piąte miejsce wywalczone podczas konkursów w Bad Mitterndorf dało mu szóste miejsce w klasyfikacji Pucharu Świata w lotach. Rathmayr był w gronie głównych faworytów przed Mistrzostwami Świata w Falun. Upadek podczas jednej z serii treningowych, w wyniku którego nabawił się wstrząsu mózgu, wykluczył Rathmayra ze startu w mistrzostwach[8]. W jego miejsce sztab szkoleniowy zdecydował się powołać Martina Höllwartha, który zajął 16. miejsce w konkursie na skoczni normalnej[9]. 6 marca 1993 w Lahti zajął 56. miejsce. Zrezygnował ze startu w trzech kolejnych konkursach, tracąc prowadzenie w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata na rzecz Andreasa Goldbergera. Do rywalizacji powrócił w Planicy, zajmując 20. miejsce. Równa forma Jaroslava Sakali i Noriakiego Kasaiego pozwoliła im na wyprzedzenie Rathmayra na finiszu sezonu. Austriakowi zabrakło jednego punktu do podium klasyfikacji generalnej.
Po sezonie 1992/1993 rzadko zajmował miejsca w czołowej dziesiątce zawodów. W 1993 roku wywalczył podwójne mistrzostwo Austrii w skokach, wygrywając w Stams i Seefeld[10]. 4 stycznia 1994 na skoczni w Innsbrucku zajął siódme miejsce, co było najlepszym jego występem w całym sezonie. Przyzwoitą formę zaprezentował również w Murau i Libercu, kończąc zawody w drugiej dziesiątce. Nie znalazł się w kadrze na Igrzyska Olimpijskie w Lillehammer.
Najwyższa lokata w sezonie 1994/1995 to 19. miejsce, które zajął 4 stycznia 1995 w Innsbrucku. Poza tym tylko trzy razy zdobywał punkty Pucharu Świata w sezonie 1994/1995. W Pucharze Kontynentalnym sześć razy wywalczył miejsce w czołowej dziesiątce - dwukrotnie w Courchevel[11][12] i Rovaniemi[13][14], raz w Kuusamo[15] i Gällivare[16]. W sezonie 1995/1996 w zawodach PŚ wystartował tylko jeden raz. 9 marca 1996 na mamuciej skoczni w Harrachovie zajął 38. miejsce. Ostatnie w karierze punkty Pucharu Świata zdobył 8 lutego 1997 na skoczni w Tauplitz. Był wówczas 27. Dzień później zajął 39. miejsce, po czym zakończył karierę skoczka.
Harrachov
Planica
Noriaki Kasai
Heinz Kuttin
Oberstdorf
Sankt Moritz
Falun
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}