Po ukończeniu Oregon State University został wybrany w drafcie NBA w 1990 z numerem 2. przez Seattle SuperSonics. Występował w tym klubie przez 13 sezonów, doprowadzając w 1996 roku do finału NBA - przegranego z Chicago Bulls. W tym samym sezonie Payton został uznany za najlepszego obrońcę ligi oraz został liderem NBA w przechwytach 2.85 SPG (231). W sezonie 1999-2000 został liderem ligi w ilości asyst 732, rzutach za 3 punkty trafionych 177 (3PM) oraz oddanych 520 (3PA), dostał również zaproszenie do udziału w konkursie rzutów za 3 punkty podczas Weekendu All-Star 2000 jednak odrzucił je.
Ma pseudonim "The Glove" (Rękawica), która nawiązuje do jego świetnej gry w obronie. Wzięła się ona od słów jego kuzyna który zadzwonił do niego podczas finałów konferencji przeciwko Phoenix Suns w 1993 roku i powiedział, że przylega tak dokładnie do Kevina Johnsona jak rękawica do piłki w baseballu[potrzebne źródło].
8 kwietnia 2013r. został wybrany do NBA Hall of Fame.
