W 1981 roku wstąpił do służby dyplomatycznej Stolicy Apostolskiej i służył na Sri Lance, w Iranie i Brazylii. W 1992 został wysłany na Filipiny, ale z miejscem zamieszkania w Hongkongu[1].
6 stycznia 2012 papież Benedykt XVI ogłosił, że abp Fernando Filoni otrzymał nominację kardynalską. Insygnia zostały wręczone 18 lutego 2012 podczas konsystorza. Zna francuski, hiszpański, angielski i portugalski. Brał udział w konklawe 2013, które wybrało papieża Franciszka.
Z dniem 28 czerwca 2018 papież Franciszek podniósł go do rangi kardynała biskupa, na równi z pozostałymi kardynałami biskupami diecezji suburbikarnych, pomimo nieprzydzielenia mu żadnej z diecezji podrzymskich[4][5].
8 grudnia 2019 papież Franciszek przeniósł go na urząd wielkiego mistrza Zakonu Rycerskiego Grobu Bożego w Jerozolimie, zastępując przechodzącego na emeryturę kardynała Edwina O’Briena[6]. Jego następcą na stanowisku prefekta został kardynał Luis Antonio Tagle.
Liczba purpuratów wynosi 227 zaś uprawnionych do udziału w Konklawe wynosi 128 kursywa podkreślona - kardynałowie, którzy utracili uprawnienia elektorskie