My tu nie mamy wyboru. „Burza” nie jest w Warszawie czymś odosobnionym, to jest ogniwo łańcucha, który zaczął się we wrześniu 1939 r. Walki w mieście wybuchną, czy my tego chcemy, czy nie. Za dzień, dwa lub trzy Warszawa będzie na pierwszej linii frontu (...) Trudno sobie wyobrazić, że nasza (...) młodzież, którą myśmy szkolili od lat (...) daliśmy jej broń do ręki, będzie się biernie przyglądała albo da się Niemcom bez oporu wywieźć do Rzeszy? Jeżeli my nie damy sygnału do walki, ubiegną nas w tym komuniści. Ludzie wtedy oczywiście uwierzą, że chcieliśmy stać z bronią u nogi[3].
Opinia Jana Stanisława Jankowskiego, wypowiedziana podczas rozmowy z Janem Nowakiem-Jeziorańskim na kilka dni przed wybuchem powstania w Warszawie,
Tablica upamiętniająca Delegata Rządu na Kraj Jana Stanisława Jankowskiego i zastępcę Delegata Rządu na Kraj Stanisława Jasiukowicza na ścianie zewnętrznej kościoła św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach będąca częścią Sanktuarium „Poległym i Pomordowanym na Wschodzie”
W marcu 1945 wraz z innymi przywódcami Polskiego Państwa Podziemnego aresztowany przez NKWD, przewieziony samolotem do Moskwy i umieszczony w więzieniu na Łubiance. W tzw. procesie szesnastu prokurator oskarżył Jana Stanisława Jankowskiego, Leopolda Okulickiego, Stanisława Jasiukowicza i Adama Aleksandra Bieniao to, że byli organizatorami i kierownikami polskiej organizacji podziemnej na tyłach Armii Czerwonej na terytorium zachodnich obwodów Białorusi i Ukrainy, na Litwie i w Polsce i działając według instrukcji tzw. rządu emigracyjnego, kierowali robotą wywrotową przeciwko Armii Czerwonej i ZSRR, dokonywaniem aktów terroru w stosunku do oficerów i żołnierzy Armii Czerwonej, organizowaniem zamachów dywersyjnych i napadów podziemnych oddziałów zbrojnych, prowadzeniem propagandy wrogiej wobec ZSRR i Armii Czerwonej. Wyrokiem moskiewskiego sądu skazano go na 8 lat więzienia pomimo tego, iż był przedstawicielem innego państwa. Mocarstwa Zachodnie nie protestowały przeciwko temu jawnemu pogwałceniu prawa międzynarodowego. Został prawdopodobnie zamordowany[5] na dwa tygodnie przed końcem odbywania kary 13 marca 1953 we Włodzimierzu nad Klaźmą w ZSRR. Według zaświadczenia Radzieckiego Czerwonego Krzyża z 11 czerwca 1956 zmarł w ZSRR podczas odbywania kary[6]. Spoczywa w zbiorowej mogile, razem m.in. z Johanem Laidonerem, na przywięziennym cmentarzu[7]. Jego symboliczny grób znajduje się na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 196-2-11)[8] i na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera 27CII-3-2)[9].
Kopf S., Starba-Bałuk S., Armia Krajowa. Kronika Fotograficzna, Warszawa 1999.
Davies N., Powstanie ’44, Kraków 2004.
Grabowski W., Delegatura Rządu Rzeczypospolitej Polskiej na Kraj, Warszawa 1995.
red. Joanna Szewczyk, Bohaterowie Historii Polski, Chorzów 2007.
Słownik biograficzny działaczy polskiego ruchu robotniczego t. 2, Warszawa 1987.
Andrzej Krzysztof Kunert: Słownik biograficzny konspiracji warszawskiej 1939–1945 T.1. Warszawa: Instytut Wydawniczy „Pax”, 1987, s. 88–90. ISBN 83-211-0758-3.